Purtroppo non esiste un "metodo" nel senso razionale del termine ed è proprio questo il limite del dump via scheda audio. Per mia esperienza ho ottenuto qualche risultato riducendo leggermente il volume e aggiustando bassi/acuti fino ad ottenere segnale sinusoidale. Oppure ho cambiato riproduttore (un vecchio walkman, niente di eccezionale).
Infine si può tentare qualche operazione direttamente sul segnale acquisito ma solo se il difetto è puntiforme, cioè interessa pochissime oscillazioni: cosa che ha funzionato solo in pochi storici casi (di mio cito il gioco All'Ippodromo, contenuto su Game2000 n° 14).