Ciao, se vai nel menu "Options" e scegli "Input" comparirà una lista di opzioni: "Control Port 1" e "Control Port 2" determinano quale periferica di controllo è inserita nella relativa porta del C64; in entrambe dovrebbe essere impostato "Joystick", di default.
Se tramite l'opzione "Mode" che si trova subito sotto scegli "Key-Set 1", o 2 o 3, fai sì che il joystick inserito nella relativa porta sia emulato attraverso una specifica combinazione di tasti, sulle 3 possibili. Ad esempio nel keyset 3 sono già impostati i tasti freccia e il control destro per il fuoco.
Scegliendo l'opzione "Define Joystick Keyset" nella pagina "Input" arriverai ad una pagina di configurazione dove, per ogni keyset, potrai assegnare ogni diverso input del joystick ad uno specifico tasto.
Quindi così facendo non dovresti avere problemi a giocare con la combinazione di tasti che preferisci. Assicurati che il joystick sia inserito nella porta corretta (con "Options -> Swap Ports" o Alt+F10 puoi scambiare le porte).