00 20 4E 00 sembra una pausa, e le pause vanno lasciate stare.
"data value of 00 is now followed by three bytes, representing a 24 bit value of C64 cyles" (dalla specifica). In quel caso, una pausa di 0x004E20 (che e' la versione esadecimale di 20000) cicli. Un ciclo e' approssimativamente un milionesimo di secondo, quindi quello significa una pausa di 2 centesimi di secondo.
Se Tapclean non ripulisce una valanga di bytes, non bisogna fare a mano, ma bisogna vedere perche'. E serve il TAP per poterlo fare.
E comunque, un TAP ripulito non e' necessariamente un TAP funzionante. Cosi' come non e' vero il viceversa: TAP non perfettamente puliti ma abbastanza puliti (esempio: prodotti da mtap a partire da una cassetta buona) funzionano sull'emulatore senza bisogno di ripulitura. Quindi, non sbattere la testa per ripulire un file che con ogni probabilita' non funzionera' comunque.